Wybierać należy tylko kotły dopuszczone do stosowania na rynku. Powinny to być kotły z potwierdzonym oznakowaniem CE (zgodnym z Dyrektywami EWG) i ze znakiem efektywności energetycznej [R13],
Ponieważ zakłada się, że kocioł jest inwestycją na co najmniej 20 lat, należy wybierać kotły dobrych, sprawdzonych firm. Bardzo ważna jest też dostępność serwisu na danym terenie. Nie należy wybierać kotłów bardzo tanich w porównaniu z innymi, tego samego rodzaju i o zbliżonej mocy cieplnej. Kocioł za tani jest zawsze kotłem „podejrzanym”.
Przy doborze kotłów powinno się również uwzględniać sposób regulacji palników. Najlepsze są kotły z palnikami z regulacją modulowaną. Nawet pojedynczy kocioł przystosowuje się wówczas łatwo do zmian obciążenia cieplnego. W przypadku źródeł ciepła z jednym kotłem, o mocy cieplnej większej niż 50 kW, stosowanie palników wielostopniowych lub modulowanych powinno być regułą.
Kocioł z palnikiem jednostopniowym pracuje metodą ON/OFF, także przy regulacji pogodowej. Przerwy w pracy są częste (temperatura wody w kotle oscyluje wokół wartości wymaganej przy danej te). Kocioł wciąż rozgrzewa się i stygnie, w wyniku czego wzrastają tzw. straty postojowe (straty związane z zachowaniem gotowości do pracy). Sytuacja jest jeszcze bardziej niekorzystna w przypadku większych instalacji o dużej pojemności wodnej (wpływ bezwładności zładu). Przy palnikach nadmuchowych, dodatkowo, przed każdym uruchomieniem palnika następuje przewietrzanie komory paleniskowej, co wychładza kocioł. Sprawność takiego kotła maleje. Ponadto wskutek zmian temperatury są wahania naprężeń w materiale kotła, co niewątpliwie wpływa na krótszą jego żywotność. Większa jest również emisja zanieczyszczeń (wzrasta ona wyraźnie w momentach rozruchu palnika). Częste włączanie palnika to także szybsze zużycie jego i mechanizmów regulujących.
Im większy jest zakres modulacji, tym jest lepiej, szczególnie w przypadku kotłów kondensacyjnych. Wydłuża się wówczas czas pracy kotła w obszarze kondensacji (bo niższa temperatura spalin i mniejsza różnica temperatury między temperaturą spalin a temperaturą powrotu z instalacji, to większa sprawność kotła).
Jest bardzo dobrze, jeśli producent kotła podaje wykres sprawności kotła w funkcji jego obciążenia. Można wówczas sprawdzić, co będzie w przypadku doboru kotła przewymiarowanego lub jaka będzie jego sprawność w czasie pracy przy niepełnym obciążeniu.